Даррен подписал с «Юнайтед» стажерский контракт в июле 2000 года, а под профессиональным контрактом поставил свою подпись в феврале 2001.

Шотландский полузащитник дебютировал в «Манчестер Юнайтед» 12 марта 2003 года в матче со швейцарским «Базелем» в Лиге Чемпионов, а свой второй матч в составе «Редс» провел две недели спустя тоже на европейской арене против «Депортиво» из Ла Коруньи.

Флетчер был неотъемлемой частью команды летом 2003 года во время турне «Юнайтед» по США. Уроженец Эдинбурга выходил на замену в матчах с «Селтиком», клубом «Америка» и «Ювентусом»- в котором он был партнером Роя Кина в центре полузащиты команды. В заключительной игре американского турне, Фергюсон доверил Флетчеру место в стартовом составе в матче против «Барселоны».

Креативный игрок центра поля, Флетчер выступал за молодежную сборную Шотландии до 21 года, прежде чем дебютировал в национальной сборной 20 августа 2003 года, выйдя на замену во втором тайме матча в Осло против сборной Норвегии.

В сезоне 2003-2004 ему предоставили шанс произвести впечатление на тренера основного состава сэра Алекса Фергюсона. Даррен провел 25 матчей в основном составе и 9 раз выходил на замену. Флетчер играл в основном на фланге и мнения по поводу вклада юного игрока в действия команды были весьма противоречивыми. Но в конце сезона многие оценили его игру. Достаточно сказать, что в финальном матче Кубка Англии он вытеснил из стартового состава таких опытных игроков как Ники Батт и Фил Невилл.

Нахождение у руля сборной Шотландии немца Берти Фогса действительно принесло Флетчеру пользу, при Фогсе он стал самым молодым капитаном в ее истории. Флетчер стал стабильным игроком своей национальной сборной и к данному моменту забил 2 мяча в 12 играх за Шотландию.

В сезоне 2004-05 Флетчер продолжал утверждаться в качестве игрока основного состава «Юнайтед», несмотря на то, что оказался вне игры после травмы коленных связок в феврале. В конце сезона он вернулся в состав, забил голы в матчах с «Чарльтоном» и «Саутгемптоном» и сыграл также в финальном матче Кубка Англии против «Арсенала».

В сезоне 2005-06 он стал автором единственного и победного мяча в домашнем матче против «Челси», что было для него особенно важно, поскольку он удостоился особо нелицеприятных слов от Роя Кина, в интервью MUTV. В большинстве матчей Флетчер выходил на поле в основном составе, однако в последние несколько месяцев, несмотря на то, что у него не было серьезной травмы, он играл лишь роль запасного, а иногда и вовсе не попадал в заявку на игру. Некоторые предположили, что это признак того, что дни Флетчера в «Юнайтед» сочтены. И шотландцу предстоит снова доказывать болельщикам, что он способен быть игроком «основы».

Но Флетчер остался в команде и в отличие, от прошлого года в сезоне 2006-07 провел за «Юнайтед» 26 матчей в стартовом составе (включая финал Кубка Англии) и 14 раз выходил на замену. Он забил 3 мяча, включая победный гол в гостевом матче с «Мидлсбро», который закончился победой манкунианцев со счетом 2-1. И хотя, в основном, партнером Пола Скоулза в центре полузащиты был Майкл Каррик, энергичный стиль игры Флетчера также приносил свои плоды.